Las obras de restauración de la Parroquia de La Encarnación tienen como finalidad la recuperación del edificio, eliminando los cambios efectuados sin tener en cuenta criterios arquitectónicos ni artísticos.
En 1998 al llegar don Miguel Ángel Jurado a la Parroquia de la Encarnación recoge en noviembre de ese año el proyecto de restauración en el Colegio de Arquitectos de Jaén, que había presentado el anterior párroco,y que don Miguel Ángel se encarga de llevar al Ayuntamiento y a la Consejería de Cultura, al ser la Parroquia de La Encarnación Bien Histórico Cultural. (B.I.C.), categoria Monumento. Este proyecto comienza con un nuevo techo de la torre, que amenazaba ruina. El pasado año el altar de la Dolorosa pasa a la derecha del altar principal, donde se encontraba antiguamente. En su lugar se recuperó la puerta que da al patio, eliminando la cochera que estaba adosada a la puerta restaurada.
